Справжнє ім'я – Ернест Еван Томпсон. Народився у містечку Саут-Шілдс (графство Дарем, Великобританія) у сім'ї нащадка лорда Сетона, графа Вінтонського. У 1866 році сім'я Сетона перебралася до Канади. Навчався в Академії живопису та скульптури в Лондоні, в 1881 р. влаштував першу виставку своїх робіт, а через рік повернувся до Канади; того ж року він прийняв родове ім'я і відтепер підписувався "Ернест Сетон-Томпсон" (або "Томпсон-Сетон").
Слава прийшла до нього з виходом книги «Дикі звірі, яких я знав» (1898); інша відома книга Сетона - "Біографія арктичної лисиці" (1937). За своє життя він опублікував понад 10000 науково-популярних статей у різних періодичних виданнях. У 1907 р. Сетон здійснив чергову подорож, пропливши 2000 миль на каное річками північної Канади; карти, які він складав під час цієї подорожі, досі вважаються шедевром картографії.
